Um jedes der in Deutschland gelisteten Medikamente innerhalb weniger Stunden in die Apotheke zu bringen, hat die ANZAG ein Mikrologistik-System aufgebaut, das das Unternehmen zum Systemführer im deutschen Pharmagroßhandel macht. Das einheitliche und vollständig vernetzte Warenwirtschaftssystem WaPha bietet Apotheken Zugriff auf rund 120.000 verschiedene Artikel, die in den 24 Lagern des Konzerns ständig verfügbar sind. Die durchschnittliche Wiederbeschaffungszeit eines Arzneimittels beträgt 3,2 Tage, im Jahr werden rund 150 Mio. Auftragspositionen bearbeitet. Die Datenverarbeitung ist dabei das Rückgrat des ANZAG Verbundsystems; sie ermöglicht es, dass über das Warenwirtschaftssystem in Spitzenzeiten über 40.000 Auftragspositionen in 15 Minuten abgewickelt werden können. Die Daten werden in einem hoch leistungsfähigen, transaktionsorientierten Datenbanksystem mit 23 Untersystemen (u. a. Lagerhaltung, Bestellsystem, Vertriebs- und Abrechnungssystem) zentral gehalten.
Ein zentraler Baustein des Mikrologistik-Systems der ANZAG sind die regionalen Leistungs- und Serviceverbünde: 24 Niederlassungen und ein Servicecenter sind in sechs Verbünden miteinander vernetzt. Dabei übernimmt in jedem Verbund ein Hochleistungs-Kommissionierzentrum die Nachtproduktion und die Defektabwicklung für die anderen Verbundniederlassungen. Die Lagerdurchlaufzeit beträgt durchschnittlich 20 Minuten, die Auslieferung erfolgt in der Regel innerhalb von 1,5 Stunden nach Auftragseingang. Diese übernimmt die Transportgesellschaft AS Logistik: Das Tochterunternehmen der ANZAG kann mehrmals täglich und nachts bis zu 21.600 Apothekenkunden beliefern und verantwortet daneben den Warenaustausch im Verbundsystem. Das Mikrologistik-System der ANZAG wurde im Jahre 2001 mit dem Deutschen Logistik-Preis und dem European Logistics Award ausgezeichnet.
